El día 5 de Mayo de 1777 fue erigido el Seminario Conciliar “San Miguel Arcángel” en Pamplona por el obispo Don Lorenzo Irigoyen y Dutari.
El día 9 de septiembre de 1969, el Cardenal Arzobispo de Pamplona, D. Arturo Tabera Araoz, el P. Aurelio Laita, Provincial de los Hermanos Menores Capuchinos de la Provincia de Navarra-Cantabria-Aragón y el P. Martín Martínez de Morentin, Provincial de los Misioneros del Verbo Divino de la Provincia Hispánica, acordaron la creación del Centro Superior de Estudios Teológicos de la Archidiócesis de Pamplona, que integraba los Teologados del Seminario Metropolitano de Pamplona, el de los Hermanos Menores Capuchinos y el del Seminario del Verbo Divino, quedando abierto a la integración de otros Teologados existentes en los límites de la Archidiócesis de Pamplona.
El 1 de noviembre de 1969, la Sagrada Congregación para la Educación Católica hizo público el Decreto de erección y constitución de la Facultad de Teología en el seno de la Universidad de Navarra. Según este decreto, el Estudio Teológico del Seminario Metropolitano de Pamplona quedaba incorporado a dicha Facultad “ad instar prioris curriculi cycli” (prot. n. 189/66/102).
La relación académica entre ambos Centros quedó articulada en el Acuerdo bilateral aprobado por la Sagrada Congregación para la Educación Católica el día 7 de julio de 1971 (prot. n. 189/66/135).
Este Acuerdo bilateral quedó sin efecto el 30 de septiembre de 1984, en virtud del Decreto de la Sagrada Congregación para la Educación Católica de 30 de abril de 1983 (prot. n. 189/81/39).
En 1986 se desvincula del Centro Superior de Estudios Teológicos el Teologado del Verbo Divino y se incorpora a nuestro centro el Teologado de las Escuelas Pías de Vasconia.
El día 21 de septiembre de 1987 se firmó la “Conventio” de Afiliación del Centro Superior de Estudios Teológicos de Pamplona a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca, ratificada por la Sagrada Congregación para la Educación Católica con fecha de 20 de enero de 1988.
En el año 1991 se desvinculan del CSET los Teologados de los Hermanos Menores Capuchinos y de las Escuelas Pías de Vasconia. El CSET queda bajo la responsabilidad única de la Archidiócesis de Pamplona y de su Seminario Conciliar.
En el curso 2010-2011 el centro realizó el proceso de autoevaluación supervisado por la Facultad de Teología y que culminó en el mes de junio con la visita preceptiva de un comité de la Facultad.
Periódicamente el centro ha renovado la Afiliación del centro a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca: el día 20 de mayo de 1996, 27 de mayo de 2001, el 15 de diciembre de 2006 y el 5 de mayo de 2017 por un quinquenio (prot. n. 728/84).