El origen de la actual Biblioteca del Seminario de Pamplona se remonta a los cerca de 4.000 volúmenes que poseía la Biblioteca del antiguo Seminario de Pamplona, que se hallaba ubicado junto al actual Palacio Episcopal.
Desde 1941 la Biblioteca ocupa la planta baja del actual edificio del Seminario de Pamplona, construido por Víctor Eusa e inaugurado en 1936.
El fondo bibliográfico de la Biblioteca se ha ido enriqueciendo a lo largo del tiempo con libros procedentes del Colegio de los Jesuitas de Pamplona, recogidos a raíz de la expulsión de la Compañía en 1768, e importantes legados como los del obispo de Pamplona entre 1830-1861 Severo Andriani Escofet, o el abogado Félix Flamarique Lasa.
Estas donaciones han permitido la formación de un importante fondo antiguo puesto a disposición de los investigadores, según las condiciones que se estipulan en el reglamento de la Biblioteca.
A estos fondos se han ido incorporando gradualmente otras Bibliotecas procedentes de las diversas secciones del actual Seminario tales como la Biblioteca de Gramática, Biblioteca de Filosofía, Biblioteca de Teología o la Biblioteca Circulante Martín de Azpilcueta así como la adquisición de monografías y revistas especializadas españolas y extranjeras. El canje, los donativos y los legados son otros medios de adquisición que han ayudado a formar la actual Biblioteca.
