El Arzobispo de Pamplona y Obispo de Tudela D. Fernando Sebastián Aguilar solicitó a la Conferencia Episcopal Española, en octubre de 1996, la erección de este Centro.
A la luz de la Normativa y Orientaciones aprobadas por la Conferencia Episcopal Española en abril de 1997, el 4 de julio de 1997 se firmó el Convenio con la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra.
Presentada toda la documentación requerida, el día 18 de septiembre de 1997 la Conferencia Episcopal daba su placet para la erección del Instituto.
El Instituto Superior de Ciencias Religiosas San Francisco Javier fue erigido por Decreto de la Congregación para la Educación Católica el 21 de noviembre de 1997, bajo el patrocinio de la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra.
El día 13 de octubre de 1997 D. Fernando Sebastián Aguilar, Arzobispo de Pamplona y Obispo de Tudela, inauguraba el primer curso del Instituto, en el que se impartió el primer curso del ciclo de estudios.
Los Estatutos fueron renovados por Decreto de la Congregación para la Educación Católica el 20 de enero de 2003 y el 24 de septiembre de 2007.
El día 18 de mayo de 2011 el Instituto fue erigido de nuevo por la Santa Sede por Decreto de la Congregación para la Educación Católica, siendo aprobados los nuevos Estatutos y el nuevo plan de estudios. El día 19 de abril de 2016 y el día 25 de marzo de 2021 se renovó el patrocinio con la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra.