El ISCR «San Francisco Javier» es un centro diocesano de estudios de teología. Sus destinatarios primeros son los laicos cristianos de las Diócesis de Pamplona-Tudela. También asisten religiosas de diversas congregaciones. Ofrece su plan de estudios de manera elástica para tener la posibilidad de estudiar materias sueltas, según la posibilidad de dedicación de cada uno.
Además de las materias troncales de la teología (y filosofía y ciencias humanas) ofrece cursos especiales de temáticas muy diferentes, preferentemente de corte pastoral en coordinación con diversas Delegaciones episcopales.
Como todos los demás centros de teología, ofrece un plan de estudios conducente a un título universitario de teología. En este caso, «Ciencias Religiosas». Este título tiene validez eclesiástica (Bachiller/Licenciatura), pero cuenta con la posibilidad de obtener la homologación civil (Grado/Máster).
Muchas personas preocupadas por su formación, asisten a las clases para profundizar en los contenidos de la fe, tan vinculados a la existencia cristiana. No todas pretenden alcanzar la titulación citada.
Comprender para creer, creer para comprender. Y todo ello, para evangelizar, para vivir la vida de fe. Así se podrían resumir sus finalidades principales.